Проблема с выбором питания для проекта:
Двоеточие в конце предложения намекает, что автор вопроса сначала решил рассказать, что это за проект, но потом передумал и оставил это в секрете. А зря - чем больше инфы имеют отвечающие, тем правильнее их ответы.
Рассматривая вариант Li - Pol аккумуляторов...
Как вариант рассматриваю баночные Li - ion...
С точки зрения электрохимии эти варианты - одно и то же. Литий-полимерные отличаются только конструктивным исполнением.
(для них готовые зарядки)
Для липовых тоже есть готовые, причём те же самые, что и для ионных (см. предыдущий абзац).
Просто припаивать плату защиты/зарядки и заряжать от USB 5V?
Именно так - просто припаивать. От 5 вольт можно заряжать только одну последовательную секцию (профи говорят - 1S) через платку BMS, например, типа TP4056 (самый распространённый и дешевый вариант):
Не опасно ли это(они вроде взорваться могут)?
Да, могут, именно поэтому их запрещается эксплуатировать без контроллера BMS. Простейший BMS типа TP4056 обеспечит ток заряда до 1 ампер и предохранит от перезарядки (т.е. от взрыва) - выключит зарядный ток при достижении напряжения 4,25 вольт. Больше он ничего не умеет, но больше и не требуется.
Про контроллер: он питается от 5V,
Это понятно.
буду ставить понижающий трансформатор
Это совершенно непонятно. Какой ещё нафик понижающий трансформатор??? С каких хренов этой железяке с кучей обмоточных проводов место возле аккума?