Istio не влияет на работу класткрного dns. Обращаясь к нему вы получаете ip подов и всё работает по старому.
Чтобы трафик шёл через меш, istio добавляет в под init контейнер, который через iptables захватывает весь исходящий трафик и направляет его в сайдкар.
По хорошему внешние сервисы должны обращаться к внутренним через ingress, который, будучи таким же подом как и все другие, исходящий трафик шлёт уже через меш.
Если нужно чтобы обращения были по внутренним доменам, то можно давать ингресам такие домены, а на стороне внешнего сервиса поиграться с dns.
Другой вариант - поднять на стороне внешнего сервиса агент istio - тот же сервис, который работает в сайдкар. Вот официальная документация как раз для такого случая
https://istio.io/latest/docs/setup/install/virtual...