Фильтр перенёс в сам шаблон сайта, а место от него на странице вывода компонента bitrix:catalog осталось (где он до переноса выводился). Если убрать код вызова фильтра в section.php то место под него пропадает и товары занимают всю область как и надо, однако фильтр перестаёт выводится и в той области куда был перенесён.