Ребят вопрос решил. Кому интересно, проблема в плагине (не помню названия), который вариациям дополнительные изображения позволяет загружать. Возможно уже что-то изменилось в том плагине и всё работает.
нашел в чем проблема касаемо вариций. Был неправильно экспортирован товар (без поля - id) только с артиклом, и тем самым он добавил дублированные вариации с одинаковыми атрибутами... Вот и тупит :)
