Допустим, есть 2 файла:
df1 = pd.DataFrame({'name': ['a', 'b', 'c']})
df2 = pd.DataFrame({'old_name': ['a', 'b'], 'new_name': ['a1', 'b1']})
Вот что можно сделать:
df3 = pd.merge(df1, df2, left_on='name', right_on='old_name', how='left')
df3.loc[df3['new_name'].isnull(), 'new_name'] = df3.loc[df3['new_name'].isnull(), 'name']
Вначале мы делаем join по старому названию, потом в строках, где нового названия нет, пропущенные значения заменяем на старые. df3['new_name'] - столбец с получившимися значениями.