MGriboedoff

Сначала определись с форматом своего файла, хорошо чтобы это был XML или что-то типа того.
Составь структуру и возможные управляющие символы - спецификацию.
Далее делай как говорит Minifest.
В теле цикла используй регулярные выражения. "PHP preg_match()"
Для теста регулярок удобно использовать сервис типа: https://regex101.com/
Далее ты можешь те данные, которые тебе нужны собирать в массив или вообще объект.
По завершении разбора используй функцию "PHP json_encode()" для преобразования объекта или массива в JSON

Вообщем почитал, поглядел, данные нужно фильтровать поэтапно, частями именно там где используешь.
Например, нет смысла фильтровать запрос, если не правильно указан контроллер в URL - пустая трата времени.
А функции анализа данных должны быть под конкретный типа данных, многие функции уже есть в PHP (например проверка на валидность e-mailа и т.д).