Как эффективно настроить связь между записями в бд?

Ну мне же нужно знать путь до файлов чтоб манипулировать файлами в ФС, удалять там их, перемещать и тд
Зачем хранить папки и файлы в разных таблицах?
А еще это в любом случае не решает проблему удаления, ну что мне нужно у всех файлов в папках менять поле isDeleted