Как правильно строить диаграммы последовательности UML?

... Человек, не владеющий подходами к объектно-ориентированному проектированию, не имеющий навыков программирования, с помощью UML просто “нарисует” плохой проект...

Крэг Ларман. Применение UML 2.0 и шаблонов проектирования
есть на торентах

Как реализовать связь многие ко многим на сайте?

Выложили бы sql-код создания таблиц... + Заполнение тем, что у вас там сейчас... Глядишь и помог бы.

Как в Kohana 3.3. отсортировать роли по количеству пользователей?

ORM не панацея и не предназначен для решения такого рода задач

Как в Kohana 3.3. отсортировать роли по количеству пользователей?

ну, тогда уточняйте задачу

Как в Kohana 3 перезаписывать primary_key?

Выложите sql-код таблицы, или перечитайте, что написали и сформулируйте яснее