Можно. Либо запускать прямо из php через exec (но могут быть проблемы с производительностью из-за этого, если система сильно загружена), либо прописать для Web-сервера rewrite rules так, чтобы часть запросов шла на обработку PHP-скриптам, а часть — проксировалась на порт, на котором висит сервер, работающий на node.js.
