Только для того, что бы make собрал какой-нибудь openoffice, нужно выкачать сотни мегабайт заголовочных файлов и инструментов сборки и прождать полтора часа пока всё скомпилируется.
Обычному пользователю это нафиг не надо и пакетная система сделана именно для упрощения установки программ.
Для сборки пакетов существуют сборочные фермы (launchpad, opensuse build farm и т.п.)
Ну формально, никто не запрещает ноде привести в листинге имена файлов к любому регистру, все файлы ведь всё-равно будут читаться. Т.е. это всё-равно костыль как и любое другое решение.