Строчку access_log on; поменять на что-то вменяемое (например access_log /var/log/nginx/access.log;).
Если старые логи нужны, то файл куда-то перенести. Но судя по тому, что он уже 28 гигов и никто не жаловался на отсутствие логов, можно его просто удалить.
Не хранить его в репозитории.
Обычно хранят что-нибудь типа db.sqlite.default и при первом запуске (или установке, или ещё как-то) копируют его в db.sqlite который должен быть в .gitignore.