Вы слишком рано начинаете всё усложнять. Вам надо сначала разобраться с ООП, тогда вам самому станет ясно, какая «архитектура» вам нужна.
Перспектива «переписывать все, поняв, что с данной архитектурой приходят какие-либо ограничения» и «что за ******* это написал?» — неизбежна. Другое дело, что, если вы будете двигаться методично, а не перескакивать к DI, не разобравшись с ООП, то вы сами увидите, почему и для чего вам нужна другая архитектура, и сами будете критично смотреть на свой и чужой код.
Вы ещё не понимаете смысла классов — это ясно из того, что вы вообще рассматриваете вариант «функции и неймспейсы».
Сделайте сначала самый простой вариант: разделяйте код по смыслу на классы и вызывайте их напрямую — либо создавая объекты там, где они используются, либо передавая через аргументы и сеттеры. Тогда (я надеюсь) вы разберетесь, зачем нужны классы и, со временем, — для чего придуманы DI и прочее. Ибо каждая методология в кодинге нужна для решения конкретной проблемы, а если вы не знаете проблему, то не сможете правильно применять технологию.