Sticky events должны помочь. EventBus хранит последний отправленный экземпляр sticky событий. Соответственно при старте активити/фрагмента можно запросить это событие и обработать.
Но так как хранится только последнее событие, получить целую последовательность пропущенных событий не удастся (если только они не разных типов и не были отправлены все как sticky). Вообще, если возникла такая необходимость, наверное стоит пересмотреть архитектуру приложения. EventBus не панацея - вполне может плохо подходить для каких-то задач...
P.S.: в своих проектах использую EventBus от greenrobot, так что всё вышесказанное относится к этой реализации.
