А вас в первом абзаце про OpenAL, а потом про OpenGL. Эти абсолютно разные библиотеки для разных вещей.
Пользуюсь 11.04, в ней все пути уже прописаны. Возможно и у вас прописаны, а проблема в чём-то другом.
Проверка: первая строка /etc/ld.so.conf, указывает на то, что нужно прочитать все файлы из директории /etc/ld.so.conf.d/
include /etc/ld.so.conf.d/*.conf
/etc/ld.so.conf.d/GL.conf
/usr/lib/mesa
/etc/ld.so.conf.d/i686-linux-gnu.conf
# Multiarch support
/lib/i386-linux-gnu
/usr/lib/i386-linux-gnu
/lib/i686-linux-gnu
/usr/lib/i686-linux-gnu
Если меняете эти файлы, после изменения выполните sudo ldconfig.
Если WxWidgets пишет, что OpenGL нет, то скорее всего имеется в виду отсутствие -dev пакета. Обычно это заголовочные файлы от драйвера (пакеты nvidia-173-dev, nvidia-96-dev и пр.)
«возможно ли как-то устанавливать в привычную папку» — для этого есть флаг --prefix=/usr у ./configure.
