Как реализовать одновременное подключение модели peewee к нескольким БД?

А мне наоборот кажется очень логичным, по сравнению с той же django, где для использования базы данных отличной от умолчательной в модели необходимо городить отдельный менеджер.

На мой взгляд одна модель - одна база данных, если нужно иное, то явно хочется чего-то странного.
Для тестов можно подменять базу глобально, для конкретных моделек - ну вот пока только так.

Но, как я уже указал выше, можно написать автору библиотеки, он её активно развивает.
Возможно будет изкоробочное куда менее костыльное решение, но, надеюсь, он все же не заставит городить излишние сущности вроде менеджеров django для тех, у кого модель строго привязана к базе.

Как реализовать одновременное подключение модели peewee к нескольким БД?

Обновил текст основного ответа, вы вроде как именно этого хотите.

Как реализовать одновременное подключение модели peewee к нескольким БД?

Одновременно с двумя базами в рамках одной модели - да. Но зачем на практике может понадобиться подобное извращение - вопрос открытый.

Соединения можно открыть раньше, а затем лишь переключать по ссылкам, в django .using() делает примерно тоже самое.

Как реализовать одновременное подключение модели peewee к нескольким БД?

Ничего не мешает перед тестами инициализировать Proxy другой базой, например явно перед вызовом тестов, в setUpClass.