Вот неплохое видео с похожей задачей:
Symfoniacs #9: Особенности построения SaaS-сервиса....
Рекомендую к просмотру. Ребята решали подобный вопрос, пробрасывая конфигурацию подключения к БД через кастомный DI контейнер для каждого аккаунта в системе.
