Livid

В тегах невредно бывает написать «Linux».

Вариант, сразу приходящий в голову — это jack. Он позволяет перенаправлять вывод звука одной программы на ввод другой. Skype придется пускать через jack-плагин альсы или через artsdsp. Festival, в общем-то, тоже. qjackctl поможет справиться с настройкой. Дерзайте.

Универсального решения нет. Можно набросать скрипт на каком-нибудь языке для этой задачи.
Сразу оговорюсь, что awk, sed, perl в самом общем случае не подходят. На python или php написать скрипт не составит труда, наверное.
#!/usr/bin/python

import sys
data=open(sys.argv[1]).read().replace("from","to")
open(sys.argv[1],"w").write(data)
Что-то в таком духе. Многострочные строки (простите за каламбур) задаются тройными кавычками. Можно читать from и to из файлов, естественно. open(filename).read()

Если совсем плохо с программированием — говорите как Вам удобнее задавать вход, скрипт я напишу.