Спасибо всем за ответы. Проблема решена с помощью плагинов, описанных в топике Eclipse, MPICH и PTP для администратора и настроек Eclipse. Конечно не получается дебагировать все инстансы одновременно (что и не нужно на самом деле), но console переключается автоматически в зависимости от того какой инстанс работает в текущий момент времени на Glassfish cluster.