решил добавив флаги и ее проверку в потоке, убрал self.enter.clicked.connect(self.send) из captcha_handler
def authorization(self):
    self.vk = vk_api.VkApi(token=self.token, captcha_handler=self.captcha_handler) # авторизация
    self.myThread = tut_osnova(self.id_item, self.s_terminal, self.vk)
    self.myThread.start()
    self.enter.clicked.connect(self.send)
def captcha_handler(self, captcha):
    self.terminal.insertPlainText(f"\nВведите капчу {captcha.get_url()}") # выводит ссылку на капчу в определенное окошко
    self.captcha = captcha
    self.myThread.flag = False
def send(self):
    print('vvedeno') # вывод в консоль уже доходит 
    self.captcha.try_again(self.scaptchaenter.text()) # отправляем решенную капчу
    # P.s: self.scaptchaenter.text() - получаем текст из определенного поля
    self.myThread.flag = True