Привет, переменная i не ссылается на res. Каждую итерацию цикла i присваивается значение элемента из res.
Для того чтобы перезаписать значения в res, нужно непосредственно обращаться к res.
Например как-то так
S1 = 'Зайцы и пчелы прыгают по лужку'
lenght = 5
res = S1.split()
for i in range(len(res) - 1):
if len(res[i]) == lenght:
res[i] = res[i][:-3]
print (res[i])
print(res)