Мой небольшой список. Большинство из этого довольно часто использую.
three.js - 3D графика
sweetalert - Всплывающие предупреждения
snapsvg - Анимация/манипуляция SVG
pixijs - 2D движок с поддержкой WebGL
Nape Physics Engine - 2D движок физики
Clusterize.js - Плагин для отображения больших объёмов данных
jsplumb - Визуализация связей
toastr - Симпатичные уведомления
elFinder - Файловый менеджер
jQuery-Tabledit - Инлайн редактор таблиц
Iconate.js - Трансформация/анимация иконок
Paper.js - Фрейм для работы с векторной графикой
Vue.js - Серьёзный конкурент
Angular.js =)
socket.io - Хорошая библиотека для работы с сокетами
InstantClick - Предзагрузка страниц при наведении курсора на ссылку
spin.js - Название говорит само за себя. Spin
sigmajs - Построение/отображение графов
validate - Валидатор форм
select2 - Кастомный select с поиском, тегами и прочими
полезностямиChart.js - Визуализация данных. Проще говоря графики на HTML 5
