Роман

Инфраструктура
* Создайте репозиторий на Bitbucket или GitHub.
* Создайте себе локально копию репозитория и локально поднимите базу данных с одинаковой структурой
* Если в базе требуются изменения, создавайте "миграции", которые обновят структуру данных или сами данные.
* Свои изменения по коду, так же как и миграции, отправляйте в репозиторий

Ещё есть возможность создания виртуальных серверов для разработки или использование online IDE. Решает кучу проблем, если интернет быстрый.
* https://compilr.com/ Полноценная среда разработки
* https://koding.com/ Среда разработки с предустановленным веб-сервером и элементами социальной сети
* online-php.com Online IDE
* https://codeanywhere.com/ Среда разработки. Код можно хранить в облаке, а также в Dropbox, Google Drive, FTP, github.
Другие тулзы для совместной работы в online

Промежуточные версии
Если вы географически недалеко друг от друга, то просто периодически показывайте, что у вас получается.
Если нет, пользуйтесь Skype Shared Screen, Join.me и другие аналогичные продукты, чтобы вместе смотреть и обсуждать голосом. А лучше TeamViewer, чтобы можно было вместе и посмотреть, и поправить.

Обновление сервера
Изменения на сервер устанавливайте из того-же репозитория. Не забудьте про миграции. Озаботьтесь вопросами безопасности. Хотя бы так: скрыть файлы .git

для валидного удаления вам потреюуетя.
1. удалить соответвтвующую запись днс, а конкретно А запись данного поддомена, если она у вас тоже не удаляется то вам в /etc/named помоему на с панели стоит именно он смотрите по конфигам где че леит.
2. вам нужно удалить запись в apache вернее httpd и ищите ее в папке /etc/httpd можно рекурсивно в mc для простоты или же

find /etc/httpd -type f  | grep -l "ваш домен" {} \;

както так.
3. после этого вам нужно зайти в бд самой панели и удалить эту запись уже в sql иначе она может быть сгенерироваана повторно.

sysadmins.ru/topic342380.html