Причина была в модуле schedule, который при запуске скрипта не находился в папке с остальными основными модулями. А при запуске через Python находился, хоть и был в другой папке...
Решил таким образом: нашёл поиском папку с нужным модулем и скопировал в папку где размещался скрипт т.е. в /home/pi/MGS41/LightShelf1.py
Это наверно неправильно, но пока работает. Может можно как то в скрипте прописать путь к модулю?
Или ещё как-то по-человечьи можно сделать?