В теории скрипт может использовать переменные из глобальной области видимости (window). Можно попробовать обернуть скрипты в самовыполняющиеся функции, это может помочь, хоть шанс и очень мал. Если не поможет - нужно подробнее смотреть сами скрипты.
(function () {
// ... код
})()