Sergey Lerg

Нет. Такие способности приходят только с опытом. Вы только можете поискать заголовки известных форматов данных среди бинарных данных и скорее всего найдёте. Если же используется что-то своё, то только разгадывать самому.

Для мобильного приложения — шифрование.
Для веб версии тоже что-нибудь бинарное в качестве клиента, тоже с шифрованием.
Flash, Java, Silverlight — похуже (можно разобрать). Chrome Native Client или скачиваемый собственный бинарный плагин для работы с сайтом — получше.

Можно сделать использую string.gsub. Что-то вроде string.gsub(givenString, start… '(.*)'… stop, replace)
Это на regex'е.
Можно сделать эквивалент кода на php используюя соответсвующие функции из модуля string.