Для структуры базы данных всё очень просто. Вы помещаете sql скрипт создания базы под SVN и тогда любые изменения в ДБ должны идти через этот файл. Также в SVN можно хранить последовательные SQL скрипты, которые непосредствено изменяют ДБ: alter, update и др.
