Скорее всего в User структура должна быть такой же
"config" : {
"always-semicolon": true,
// ...
}
Но вообще на сайте написано
Copy the config from here ↓ and save it as .csscomb.json in your project's dir:
То есть сохранять конфиг нужно в отдельном файле в папке проекта. (Что вполне логично: конфиг для разных проектов может значительно отличаться). User же, скорее всего, просто перезапишет default.
