Для того, чтобы ответить на вопрос, надо его корректно сформулировать. Что мешает вызывать приложение gnuplot с заданными параметрами? Я гнуплот использовал из си, из php, из bash. Не вижу проблем использовать из js.
А вообще беглое гугление вот
https://habrahabr.ru/post/248383/
Если вопрос как строить, то свяжитесь со мной, расскажу.
