Как быть с черным SEO?

Amoled: https://yandex.ru/support/webmaster/site-indexing/...

Как быть с черным SEO?

В яндекс вебмастере блокируйте все ссылки такого типа, муторно но со временем можно разгребсти

Как в Uikit3 программно закрыть Аккордион?

UIkit.accordion(element, hide); нет?

Что выбрать, слайдер на чистом CSS или с использованием JS?

Измерь.
Например significa.pt/labs/css-only-slider
и coolcarousels.frebsite.nl/c/68

Как в Uikit 3 сделать высоту контейнера на всю высоту экрана - футер и централизировать содержимое?

Они еще не весь функционал 2 в 3 перекинули