Как мне кажется, если так нужно хранить все в одной сущности, то разумно обойтись массивом объектов, где в каждом объекте будет тип этого объекта, т.е. -
var array = [
{
type: “fruit”,
sort: “apple”
},
{
type: “vegetable”,
sort: “cucumber”
}];
Двумерные массивы не очень удобный вариант для обработки и хранения.
Но лично я бы сделал два массива и не мучайся бы, ибо незачем мешать сущности)