Да ништяк все! =)
12к за сайт - это дешево (если только там не было вылизано ТЗ, все макеты хорошо выполнены, и это был сайт - одностраничник, что врядли).
Вообще СЕО-оптимизация ИМХО сразу закладывается в систему управления - метатеги там, open graph, sitemap, ЧПУ и прочее. Но даже то, что вы этого не сделали по неопытности, не отменяет того факта, что СЕО - просто развели клиента, а он повелся...
СЕОшник мог просто сказать какая функциональность ему нужна, а вы с заказчиком договорились бы, на платной или бесплатной основе данный функционал будет добавляться.
По своему опыту скажу - самописку можно и даже нужно писать. В процессе получаешь глубокое понимание происходящего, паттерны изучаешь, затрагиваешь такие вопросы, которые бы себе не задавал штампуя на WP.
Но! использовать самописки можно только в тех проектах, где вы уверенны в долгом сотрудничестве с клиентом.
Я вот использовал самописку свою на паре заказных сайтов - потом фремворк нашел хороший - потом язык сменил - потом еще раз язык сменил, разные БД, администрирование и тд. Время не стоит. Теперь самописка уже не кажется такой хорошо написанной, но я получил хороший толчок к развитию. Клиенты тоже довольны - все работает и гибко допиливается (мной).
Так что у вас проблема не с тем, что с самописки начали, а в том, что СЕОшник лучше вас "присаживается на уши"=)
