Не знаю, актуально ли тебе это еще, но ...
Добавление --user-data-dir для изоляции окон
Chrome может кешировать параметры окон, поэтому можно указать разные профили:
bat
@echo off
start "" "chrome.exe" --new-window %option% --window-size=500,400 --window-position=0,0 --user-data-dir=%TEMP%\chrome_temp1
start "" "chrome.exe" --new-window %option% --window-size=500,200 --window-position=500,0 --user-data-dir=%TEMP%\chrome_temp2
Это заставит Chrome считать окна независимыми.
И первом открытии тебе предложит войти в аккаунт, или остаться на автономной учетке, в последующем все открывается корректно