У меня был проект по слиянию нескольких баз, там была задача объединить справочник клиентов и в обоих справочниках были дубликаты.
В итоге решали так:
Выбирали клиента заведенного раньше по времени, и все ссылки на клиента в связанных таблицах заменили на выбранного клиента, а дубликаты клиентов оставили в базе (в таблице клиентов) но пометили как архивные, чтобы их нельзя было выбрать и использовать.
Но тут нужно знать все таблицы в которые есть ссылки на клиента и если эти таблицы огромные, то такая конвертация может длиться несколько дней.