Руслан .

Можно так попробовать.
Я тут учитывал кейсы, когда время выхода больше времени входа.

SELECT userGUID, areaGUID, timeHappened AS times
  FROM users in_u
  LEFT JOIN users out_u
         ON out_u.userGUID     = in_u.userGUID
        AND out_u.areaGUID     = in_u.areaGUID
        AND out_u.inOut        = 2
        AND out_u.timeHappened > in_u.timeHappened
 WHERE in_u.inOut  = 1
   AND out_u.inOut IS NULL
ORDER BY userGUID, areaGUID

Можно расчет count(id) вынести в подзапрос, тогда первый вариант должен сработать.
https://dev.mysql.com/doc/refman/8.0/en/subqueries.html

Если в коде, то как-то так:

SELECT * 
  FROM table 
WHERE id>(SELECT max(id) 
                     FROM table 
                   WHERE date < CURDATE()) 
   LIMIT 10

При такого вида запросах точного попадания в координаты организации не будет и нужно определиться с размером области вокруг координат пользователя и ее формой (квадрат, прямоугольник, круг, что-то еще).
Размер области ограничит список отбираемых организаций.
Задать размер можно например так, пусть нужно показать все вокруг пользователя в радиусе 2 км.
И пусть область для простоты - это квадрат.
Из вики можно найти, что средняя длинна одного градуса широты/долготы примерно 111 км.
Тогда вариация по широте/долготе от текущей позиции пользователя будет плюс/минус 2/111 градуса = 0,018 градуса.

А дальше можно вот таким запросом вывести список подходящих организаций:

SELECT us.id,
       lc.name,
       lc.address 
  FROM tb_user us
  JOIN tb_location lc
    ON lc.lat BETWEEN us.lat - 0.018 AND us.lat + 0.018
   AND lc.lon BETWEEN us.lon - 0.018 AND us.lon + 0.018

Чтобы это нормально работало нужны индексы по полям lat, lon таблицы tb_location.
Также лучше ограничить точность координат lat, lon например можно указать место организации с точностью до 10 метров, тогда координаты можно округлить до 0,01/111 = 9*10^-6, т.е. до 5 знаков после запятой.

Можно еще для операции поиска координаты привести к целым числам, т.е. хранить для поиска lat/lon умноженными на 10^5 и без дробной части. При такой схеме нужно 3+5 = 8 значащих цифр и тип int подойдет для хранения. Этот вариант позволить уменьшит размер индекса по полям lat/lon, а это должно ускорить поиск.
При таком вариант в запросе вместо
us.lat - 0.018 AND us.lat + 0.018
нужно указать
us.lat - 1800 AND us.lat + 1800

При использовании в поиске условия вида
us.lat - 1800 AND us.lat + 1800
есть нюанс, если искать в районе 0/360 градуса нужно делить условие на две части, вот пример когда
us.lat - 1800 получается меньше нуля.

BETWEEN 36000000 + (us.lat - 1800) AND 36000000
OR
BETWEEN 0 AND us.lat + 1800

Если us.lat + 1800 получается больше 36000000, то аналогично две части:
BETWEEN us.lat - 1800 AND 36000000
OR
BETWEEN 0 AND (us.lat + 1800)-36000000

Можно вот так попробовать.

Я убрал из select дублирующиеся поля users.`users_id` и user_dolg.`user_id`

Так как по полю user_dolg.`date` происходит отбор, но оно не включено в список агрегирующих полей, нужно к
нему применить агрегирующую функцию, например так MAX(user_dolg.`date`) либо добавить поле в список агрегирующих полей.

Так как вы присоединяете таблицу `users` левым джойном, то в случае отсутствия в ней записи по users_id в поля этой таблицы вернется значение NULL нужно бы обработать этот случай используя функцию ISNULL например или IFNULL. Если же в таблице `users` всегда есть запись для users_id из таблицы user_dolg, то лучше бы LEFT OUTER JOIN заменить на INNER JOIN. Я в запросе написал вариант с INNER JOIN.

SELECT DISTINCT 
       users.`users_id`,
       users.`name`,
       user_dolg.`date`,
       SUM(user_dolg.hours)  AS sub_hours
  FROM `user_dolg` 
 INNER JOIN `users`
    ON users.`users_id` = user_dolg.`user_id`
 WHERE user_dolg.`date` BETWEEN  '" . $starttime . "' AND '" . $endtime . "'
 GROUP BY users.`users_id`, users.`name`, user_dolg.`date`
HAVING COUNT(1) > 1

Судя по описанию задачи как-то так:

select isnull((select sum(Amount) from logs where receive_id = @userid), 0) - isnull((select sum(Amount) from logs where sender_id = @userid), 0)

Тут @userid идентификатор пользователя для которого нужно посчитать баланс.