Вся верстка разрабатывается в отдельном репозитории, который подключается к основному проекту с помощью composer или bower. В этом проекте должен быть *.json файл в котором будут опысаны все необходимые пакеты (jQuery, Bootstrap, и т.д), php или html файлы с шаблонами страниц, css (less, sass) и js файлами.
Дальше Backend разработчики подключают ваш проект к своему и подтягивают все ваши зависемости, прописывают пути к вашим css, js файлам и переносят верстку в свои view файлы.
У Backend разработчиков должен быть полный доступ к вашему репазиторию, чтобы они тоже могли оперативно фиксить баги. Html шаблоны лудше поддерживать в актуальном состоянии, нужна вносить правки не только в css но и в шаблоны, так у вас всегда будет последняя актуальная версия сайта.
Часть верстки может быть помещена в widget со своей непонятной логикой, где вам будет дастаточно тяжело разобраться как оно тут все работает, да и незачем.
Я бы еще порекомендовал проставлять теги для вашего шаблона чтобы не ломать совместимость.
т.е. если вы пишите повый функционал вам не обязательно каждый раз проставлять новую верси. Но если был изменён html шаблон или переименованы css классы тогда обязательно нужна выставить новую версию чтобы Backend разработчики могли все вовремя исправить в своих шаблонах.
По данной схеме мы разрабатывали один сайт паралельно с версткой и при этом никто никаму не мешал. Думаю и дальше будем использовать данный подход.