Yii2. Модульная система в advanced приложении. Как наиболее логично делать?

frontandEnable, backendEnable ...
Yii::$app->id == 'app-backend'
а так что не катит ?

Как совместить AR с DAO в Yii2?

А как они могут конфликтовать?

Yii2 Как сделать ручную сортировку - без лишних хлопот?

demos.krajee.com/sortable-input#w11-sortable

Yii2 Как сделать ручную сортировку - без лишних хлопот?

Тогда попробуй demos.krajee.com/sortable#w9

Yii2 + Twig. Нужно ли использовать AssetBundle?

В Symfony нет widgets но есть Twig + plugin.

Yii2 + Twig. Нужно ли использовать AssetBundle?

Использовать какой-либо шаблонизатор это как стрелять себе в ногу. Смысла от него мало, а вот owerhead он вам добавит и пропадет AutoComplete.
Twig пришел к нам из Python. Но в Python нет виджетов (как и во многих других framework). После того как я показал знакомому который пишет на Python на что способны виджеты, он сразу загорелся но потом загрустил, потому что у них нельзя по среди *.py скрипты вывести кусок верстки. В Python все разделено, код отдельно, шаблоны отдельно. И я считаю от этой особенности php не стоит отказываться и стрелять себе в ногу.

Yii2 + Twig. Нужно ли использовать AssetBundle?

Я попытался описать все плюшки которые вы получите от использования AssetsBundle, но вы можете от них отказаться подключать по старинке, ну или хотя бы через

$this->registerJsFile('@vendor/bower/flexslider/jquery.flexslider.js');

Yii2 Как в модели обработать динамические поля?

Можете привести пример ваших таблиц из БД

Yii2. \yii\bootstrap\Modal как менять view в зависимости от действия?

Можно через Pjax => habrahabr.ru/post/239147

Как посчитать количество с ActiveRecord?

User::find() - microf использует Yii2

Как посчитать количество с ActiveRecord?

Можешь показать таблицы с которыми ты планируешь работать.
mysql> SHOW CREATE TABLE `user`;

Как написать вложенный под запрос (php yii)?

Тут от Yii только
Yii::app()->db->createCommand($query)->queryRow();
осталось, все остальное чистая импровизация. :)