Степан

netstat -atun | awk '{print $5}' | cut -d: -f1 | sed -e '/^$/d' |sort | uniq -c | sort -n

Посмотрите количество соединений. Была похожая ситуация, очень много открытых соединений на 127.0.0.1.

Создайте для дельта-индекса отдельный конфиг.
После завершения индексирования генерируйте новый конфиг-файл с последним проиндексированным ид

Костыль конечно, но должно работать.