Степан

А крон Вам чем не подходит? Да и зачем придумывать велосипеды?
Раз в минуту проверяем есть ли новые неотконвертированные файлы, если есть добавляем в очередь..

Не советую использовать ffmpeg-php вообще. С ним одни глюки.
Для аудио переделайте на getid3.