Сергей Горностаев, Клиент. Интерактивный(если я правильно понял вас) system() может только открыть ftp дальше программа ждет закрытия и только тогда продолжает работу...
Написано
Войдите на сайт
Чтобы задать вопрос и получить на него квалифицированный ответ.