Проблемы с очередью платежей.
Ограничения API платежного шлюза.
Блокировки или задержки на стороне сервера или базы данных.
Конфликты с кэшированием или балансировкой нагрузки.
Ну, так закажите аудит логов платежной части сайта, до входа в режим оплаты и есть ли возвраты на страницу сайта после оплаты.
Если до входа нет скриптов трекинга поведения пользователей в браузере, то пусть разработчики прикрутят их, тогда сможете получать логи до самого последнего шага перед оплатой.
Нет никакой мистики, вы просто не запрашиваете необходимый анализ при аномальных случаях, или не знаете в какой форме хотите получить отчет по логам сервера.
Но для этого нужно обеспечить необходимый уровень журналирования на сайте (логирование), чтобы проводить такой анализ. Это нужно обговаривать в ТЗ.