У каких-нибудь сайтов с аниме есть API?

https://anilibria.tv

Как на node js получить JSON с api.vk?

А в чём проблема с бд токенами? Для ВК ио) тема такая же... Ведь класс VK конструктор)

Как на node js получить JSON с api.vk?

Использовать модуль «vk-io» для удобной работы с вк) либо использовать любой модуль для реквестов. Например «request-promise»