Тезисно:
Да, система контроля версий - GIT - подходит под ваши требования. Я думаю, про github вы слышали, но ещё отмечу BitBucket.
Как контролировать? Да никак. Можете до серва не допускать просто, но в таком случае сами должны будете настроить там Git и вебхук для него.
Я искренне не понимаю, что вы хотите найти в логах. Точнее, в коде. Если своего программиста у вас нету, кто будет его читать и понимать, был ли умысел?
Да и ... что такого там может быть? Вот конкуренту идею продать - это реально. А на свой сайт что-то запихнуть... что? и зачем? )
Удалять из логов Git ... Ну, так чтоб бесследно - нет, нельзя .
Флаг вам в руки, конечно, но я бы от предложения так работать отказался. Ещё и с позиции "ты пока подкрути, а мы потом нормального разраба найдём"
