Есть такой файл \libraries\src\Document\HtmlDocument.php
В нем действительно есть такой фрагмент кода.
Так вот, я в строчке $path = str_replace(JPATH_BASE . '/', '', $dir);
удалил все после JPATH_BASE получилось так $path = str_replace(JPATH_BASE);
После кинул файл иконки в корень сайта и все получилось.