Эти папки у вас существуют только в рабочем каталоге и их нет в репозитории, потому что гит отслеживает только файлы. Невозможно закоммитить пустой каталог. Каталоги фигурируют лишь как часть полного пути к файлам.
Если вам нужно непременно сохранить структуру каталогов, то поместите в них любой файл. Стандартная практика — создавать пустой файл с именем .gitkeep
