Поиск по аналогичным вопросам говорит, что состояние каталога (modified content, untracked content) возникает при наличии вложенного репозитория внутри него. Такой каталог будет полностью игнорироваться вышестоящим репозиторием, так как нельзя закоммитить один репозиторий внутрь другого.
Если вас напрягает это сообщение в статусе, то нужно удалить вложенный репо
# удалите папку .git, которая внутри каталога bitrix
rm -rf "bitrix/.git"
# скажите гиту, чтобы он забыл, что перед этим видел там вложенный репозиторий
git rm --cached "bitrix/"
