В первом случае вы просто обновляете зависимости композера, а во вотором создаете проект Laravel b обновляете зависимости композера
М.б. я не понял вопрос, но обычно вы клонируете репозиторий и в нем имеется json файл композера, затем через консоль вы просто обновляете зависимости, которые прописаны в композере. После этого все должно работать. ИМХО вы создаете себе лишние проблемы