Ну, в общем, не такая уж это страшная вещь. Можно так:
apt-get autoremove
Потом посмотреть, настройки каких пакетов остались:
dpkg -l | grep ^rc
И их можно потом удалить путем dpkg --purge или apt-get remove --purge
Можете воспользоваться еще deborphan
Или вот даже так:
dpkg -l | grep ^rc | awk '{printf $2}' | xargs dpkg --purge
