Вам нужен
рефакторинг. То, что Вы описали, говорит о том, что Ваш
код далёк от совершенства.
Вам нужно для начала применить
extract method, затем
exctract class или подобные
методы. После чего можно будет спокойно классы разнести по отдельным файлам.
