Добрый день.
Мы использует двухфакторной аутентификацию средствами SafeNet для подключения к серверам по RPD. Подобную проблему решили заменой драйвера SafeNet на SafeNet-Minidriver.
P.S. там еще приключения были с драйверами версии ниже 10.1 при наличии на смарт-карте более 10 сертификатов:)