limit_req_zone $binary_remote_addr zone=one:10m rate=12r/s;,
limit_req_status 429;
limit_req_log_level error;
nginx -t && systemctl reload nginx
так же выдавал ошибку, но стоило добавить в конфиг сайта $_SERVER['HTTPS'] = 'on' строчку
сайт отлично работает по https